口腔粘液囊肿有以下治疗首先是由于外伤刺激，从而引起的口腔粘膜性损伤，可以使用冰块冷敷治疗。然后是粘液性囊肿的，可以进行手术切开，挤出脓液，要注意局部卫生。
早期发现时可先观察避免挤压，有些囊肿可自行消退，无需处理。如无法消退则以手术切除为主要手段，将囊肿及周围手术区域内的小腺体一并切除，但缝合时仍可能将周围腺体的导管阻塞再次形成囊肿。
口腔囊肿也是分好多情况，而如果囊肿是牙源性来源的囊肿，是体积比较小，范围比较局限在根尖的附近。经过根管治疗以后，有一部分囊肿是可以自己消失的，是不需要做手术治疗。如果囊肿的体积比较大，或者非牙源形性的，有一些囊肿甚至是x线检查觉得像是囊肿，其实是肿瘤，比如角化囊性瘤，就是以前称为角化囊肿，造釉细胞瘤等之类的肿瘤，就是不会自己消失的，需要尽快做手术。
口腔囊肿，是由于慢性炎症刺激引起的症状，会出现局部出现异物感的情况，可以及时采取消炎药物进行治疗，口腔囊肿发病初期一般都为良性肿物，其与周围组织间有很明显的界限，所以手术很容易摘出，建议平时多吃一些清淡易消化的食物。
口腔囊肿一般分为根尖周囊肿，含牙囊肿，以及牙源性角化囊肿。范围小的根尖周囊肿，可以在牙齿做完根管治疗后，进行囊肿的搔刮术，把囊肿清理出来。含牙囊肿的治疗原则是，手术摘除囊肿以及囊肿内所含的牙齿。