肛瘘的检查方法可以做肛门指检，肛门指检为最常见、最直接的检查方法，可触及条索状物及硬结。还有就是美兰造影，将美兰从外口打进，如果美兰由肛门流出，可诊断肛瘘。影像学检查包括B超、磁共振、肛瘘造影。手术探查需在麻醉状态下进行。
肛瘘的危害很大，一旦患有了肛瘘以后，都会特别的痛苦。而且一旦肛瘘形成，自愈的机会极少，瘘管复杂化后，带来许多麻烦与一定的危害性。当如果选择好的医院，先进的技术是可以治好不复发的。
肛瘘有很多治疗方法。常用的是传统药物疗法，传统手术方法和微创疗法。肛瘘由内外口和瘘管组成。如果肛瘘严重，可能有多个瘘管和瘘管。如果传统疗法不能发现准内，完全消除原有感染，或瘘管未完全切除，很容易复发，这是传统手术的一大缺点，肛瘘想要彻底治疗，还需要微创手术肛瘘治疗方法比较好。
微创无痛的肛瘘治疗方法是通过直肠纤维镜进入到肛门里面，通过监视器，直接对内口进行微创电凝，使肛瘘的内口干结闭合，然后洗干净瘘管里面的脓液，这样以后大便后，粪便里面的细菌和粪水进不到四面的组织里面去，就不会形成感染，疼痛。肛瘘一般可以采取挂线或者是手术治疗，需要采取积极的预防，不要有思想负担，多保重粗纤维食物保持大便通畅。积极的预防，提高身体素质。
根据瘘管深浅、曲直，可选用挂线疗法、肛瘘切开或切除术。手术治疗，原则是将瘘管全部切开，必要时将瘘管周围瘢痕组织同时切除，使伤口自基底向上逐渐愈合。电疗仪治疗，运用现代肛瘘电疗仪的高温物理技术治疗，利用电弧放电产生高温，对局部组织进行烧灼，以切开肛瘘达到治疗目的。
挂线疗法。适用于距肛缘3-5cm内，有内、外口的低位单纯性肛瘘、高位单纯性肛瘘或作为复杂性肛瘘切开、复杂肛瘘切除术的辅助治疗。挂线疗法是复杂性肛瘘手术中最常用、最普遍的方法。