临床的肛瘘分多种类型，括约肌间性，经括约肌型，括约肌上型和括约肌外型，前两种常见，后两种少见而且处理困难，一般肛瘘自愈几率特别少见，几乎大部分需要手术处理，需要经外面的外口沿着瘘道把感染的内口切除，术后配合换药。
女性长肛瘘必须手术治疗。药物只是对症治疗。手术治疗的原则是将瘘管全部切开。方法有挂线疗法、肛瘘切开术、肛瘘切除术等。手术时要找到原发的内口，并把感染的肛窦、肛门腺及其导管切除干净，这是肛瘘治疗的关键。
肛瘘有瘘管切开、挂线疗法和肛瘘切除术等。肛瘘是不能自己好的，不治疗会反复发作直肠肛管周围脓肿，药物保守治疗只能缓和症状，因此必须手术治疗。手术方式很多，术式应依据内口位置高低，低位肛瘘或高位肛瘘、瘘管与肛门括约肌的关系，括约肌间型瘘、括约肌上型瘘或括约肌外型瘘来选择。
肛瘘需要到医院肛肠科进行系统的检查，必要时进行手术治疗。出现流脓的症状要及时治疗，避免症状加重甚至出现大便失禁的风险。注意饮食和生活习惯，忌辛辣，多吃水果蔬菜，保持大便通畅，不熬夜。
得了肛瘘以后，首选的就是手术，唯一的方法也是手术，其他的方法都只是缓解症状，而治疗肛瘘的手术又分很多种，好比肛瘘切开术、肛瘘的剔除术、瘘管剔除术，还有什么补片的填充，免疫制剂的填充等，各种方法很多。