临床的肛瘘分多种类型，括约肌间性，经括约肌型，括约肌上型和括约肌外型，前两种常见，后两种少见而且处理困难，一般肛瘘自愈几率特别少见，几乎大部分需要手术处理，需要经外面的外口沿着瘘道把感染的内口切除，术后配合换药。
肛瘘需要到医院肛肠科进行系统的检查，必要时进行手术治疗。出现流脓的症状要及时治疗，避免症状加重甚至出现大便失禁的风险。注意饮食和生活习惯，忌辛辣，多吃水果蔬菜，保持大便通畅，不熬夜。
得了肛瘘以后，首选的就是手术，唯一的方法也是手术，其他的方法都只是缓解症状，而治疗肛瘘的手术又分很多种，好比肛瘘切开术、肛瘘的剔除术、瘘管剔除术，还有什么补片的填充，免疫制剂的填充等，各种方法很多。
应选手术治疗，内口的存在，脓肿虽然破溃或已切开引流，但原发感染源如肛窦炎、或肛腺感染依然存在，肠腔内容物还可从内口继续进入瘘管；肛门部不能静养，脓腔不易粘合：排粪、排尿时，因括约肌收缩或因炎症刺激肛门括约肌，使肛门括约肌经常处于痉挛状态。
肛瘘的治疗方法主要是通过手术方式，手术的原则是将瘘管彻底的切开或者切除，形成敞开的创面促进它的愈合。它最大的优点是不会造成严重的肛门失禁，同时具有操作简单，出血少，换药痛苦较小的优势。