如何处理甲减和亚临床，应根据病人具体情况决定。
如亚临床甲减患者，通常无症状，也无体征，常因查体后被人发现，因此，绝大部分亚临床甲减无需处理。对于甲减症患者来说，可以选择药物进行辅助治疗，比如使用左甲腺素钠或者右甲素，这都能够取得较好疗效。但若伴有较严重的甲减症状如乏力、便秘等，且Tsh大于10毫国际单位每升，病人再次合并动脉硬化，血脂异常和甲状腺相关抗体升高的问题，需要处理。因此，亚临床甲减和甲减都应该进行治疗，而不能简单地把二者对立起来。
一般情况下，轻微甲减可通过日常护理、使用药物等措施进行治疗，具体内容如下：
甲减的治疗方法是以甲状腺激素代替疗法为主，优甲乐和甲状腺激素篇是比较常见的药物。首先是低剂量，然后是通过全身的表现和化验的结果，逐步增加，直至所有的病症都没有了，t3、t4、ft3、tsh都会回复到原来的水平。从那以后可能也需继续服用，避免随意中断，不然1-3个可能就会有复发的情况。日常生活中要多吃些低脂肪食物，多补充碘。
甲减可服用药物治疗，甲状腺激素药物与人体甲状腺分泌的甲状腺素结构相同，服用后不会影响机体功能，对肝肾功能无不良影响，可以长期服用。甲减开始治疗后，应每个月检查一次甲状腺功能，及时调整用药剂量，以长期维持治疗。
甲减性月经不调，指的是由于甲减引起的月经不规律，所以要把甲状腺功能控制在一个正常的水平上，这样才会使甲状腺功能不全，从而消除或消除。
甲状腺功能减退，尤其是甲状腺功能低下的女性，会导致内分泌失调，排卵异常，甚至是不孕。因此，如果经常出现不育，而且没有其他的病因，要做好检查，看看是不是因为甲减引起的。
垂体性甲减可以通过药物治疗来改善。
垂体性甲减与其他荷尔蒙的正常值有关。首先要解决的问题就是垂体腺甲减，垂体性甲减就是因为病变引起的腺垂体，腺垂体会产生促甲状腺激素，也就是说TSH含量不够，无法刺激甲状腺分泌出充足的甲状腺素，这时候可以通过适当的补充甲状腺素来进行治疗，同时还可以通过药物来辅助治疗。不过在治疗前要了解一下肾上腺皮质的作用，如果真是腺垂体功能低下，那么就会导致肾上腺皮质机能下降，同时也会导致甲状腺和性腺所分泌的荷尔蒙下降，此时只需要补充甲状腺激素，就会导致病情加重，所以在使用激素补充腺垂体功能低下症时，应先服用糖皮质激素，然后补充甲状腺激素，以免出现不良反应。