巧克力囊肿的治疗办法就是怀孕，能够引起异位的内膜脱落，让囊肿消失。其次就是药物治疗，小于5厘米的时候可以考虑药物，西药是避孕药一类的，中药是活血化瘀一类的。最后考虑手术治疗，手术治疗很多还是会复发的。
手术之后至少休息一周的时间，在进行正常的活动，不能过度的劳累。选择腹腔镜手术，至少休息一个月方可上班，而且不可从事重体力劳动。不要吃辛辣刺激生冷的食物，多注意休息。
治疗巧克力囊肿应先到医院，按中医方面属于气滞血瘀方面的问题导致的。可以用一些相关的中药治疗，比如促进气血通畅，活血化瘀之类的药物。可以坚持这方面的调理治疗，注意观察，需要一个过程还是可以慢慢恢复，不会特别严重的。
巧克力囊肿的治疗有两种方式，一种是药物控制，效果不好。另一种是手术治疗，能够达到治疗的目的，但是需要选择合适的方式治疗，有些女性需要生育所以只能采取保守治疗方法。
饮食上多增加营养，经期不吃凉食物。巧克力囊肿是子宫内膜异位引起的。属于良性病变，可以遵医嘱口服止痛药物治疗。腹部要保暖，定期去医院复查，经期不要过性生活。如果还不好，可以去正规医院手术治疗。
巧克力囊肿复发时，疼痛，巧克力囊肿病患会不同程度的出现小腹疼痛，白带异常、月经紊乱失常。不孕症，将近一半的病患因盆腔器官的粘连，使输卵管的蠕动受阻而造成不孕不育。痛经，夫妻性生活中还会伴有疼痛感出现。