一般情况下，停经40天B超未见孕囊是否正常，要根据具体情况进行分析，可能是正常的，也可能不正常。具体内容如下：
1.正常：如果女性体内，精子和卵子结合的时间比较晚，受精卵进入子宫内生长并发育的时间也较晚，停经40天时B超未见孕囊是比较正常的，不用过于担心，建议停经7周左右再复查超声。
2.不正常：停经40天B超未见孕囊也存在不正常的可能，也许是女性并未成功怀孕，或者出现了异位妊娠的情况，建议女性及时就医检查，以免影响身体健康。
通常情况下，对于月经周期比较规律的患者而言，一般可以在停经七周左右，通过B超检查可以看见明显的胎芽和胎心搏动，因此如果患者停经56天B超未见孕囊，一般不是正常现象。如果患者没有明显腹痛和阴道出血等症状，建议患者再次检查血HCG值，并且可以一周以后复查B超做对比，如果还是没有孕囊，患者则需要注意宫外孕的可能，患者还需要根据检查的结果，遵医嘱进行治疗。观察期间患者还需要注意自身变化，如果患者有明显腹痛、阴道不规则出血等症状时，应当及时到医院就诊。
怀孕时间比较短，检查不出来孕囊也是正常的，建议注意卧床休息不要做剧烈的运动，怀孕的前三个月胎儿发育不稳定的，最好等到怀孕三个月的时候再去检查比较好一定要加强身体的营养。注意下是否有出血或是疼痛加剧的情况，如果有要及时检查。
不正常。是不确定是否已受孕，在同房后的14天左右使用验孕试纸验孕，同房10天左右抽血测hcg数值，数值高于正常可确定为怀孕，是已经受孕，因精子和卵子结合的时间尚短，胚胎未进入子宫内生长并发育，所以通过超声检测在宫腔内还不能看到孕囊。在怀孕50天的时候到医院做复查。
首先来说第一个因为月经已经停了很长时间了，如果是怀孕是应该能查到的，那么需要第一个是做一下血液方面的检查，动态观察血hcg和子宫附件超声情况，正常宫内孕血hcg是呈隔日翻倍增长的，宫外孕增长慢，如果左侧卵巢无回声进一步增大，宫内还是没有孕囊，可以确定是宫外孕。
若月经规则，但停经39天未见孕囊需警惕是否胚胎发育不良、胚胎停止发育。需动态观察血hcg和B超结果明确诊断。若平时月经不规则，周期延长，推迟7天或以上，则停经时间和实际受孕时间不相符，停经40天但实际受孕时间不足40天，有可能做B超未见孕囊。可隔段时间再次复查B超了解胚胎发育情况。