糖皮质激素药副作用是恶心、呕吐、腹胀、消化道出血等胃肠道反应以及诱发感染、骨质疏松、月经紊乱、痤疮、神经精神症状等。需要用糖皮质激素药，要医师指导下用药物治疗，避免擅自用药。
糖皮质激素根据半衰期的长短分为短效、中效、长效激素。短效激素包括可的松、氢化可的松。中效激素，包括强的松、强的松龙、甲基强的松龙。长效激素包括地塞米松。还有吸入的激素。包括强力布地奈德，二丙酸倍氯米松、丙酸氟地替松，具有抗炎、抗毒、抗过敏、抗休克、非特异性抑制免疫、退热等多种的作用。
糖皮质激素副作用主要表现有向心性的肥胖，出现满月脸、水牛背、痤疮、多毛、高血钠和低血钾、高血压、水肿、高血糖，还有糖尿病加重、肾上腺皮质功能减退，甚至萎缩、闭经、肌肉消瘦、无力、骨质疏松、股骨头坏死和精神症状等。
吸入性糖皮质激素是目前治疗哮喘的主要手段，对比口服的激素，吸入性糖皮质激素药物可直达肺部，起效迅速，剂量较小，副作用也较小，安全性相对较高。其主要的不良反应有咽部不适、声音嘶哑，并且可能会出现念珠菌感染，但可通过清水漱口加以避免。长期高剂量的使用吸入性糖皮质激素还会产生肾上腺皮质轴抑制和骨质疏松等全身不良反应。
用于治疗鼻部疾病的糖皮质激素常用的，布地奈德，是属于混悬喷雾剂，用于季节性和慢性过敏性的鼻炎，倍氯米松也是一个鼻喷雾剂，用于过敏性鼻炎和血管收缩性鼻炎。
