巧克力卵巢囊肿治疗方法主要采用药物和手术治疗。药物治疗包括：假孕疗法，假绝经疗法等，但只能缓解症状控制发展，手术治疗包括腹腔镜手术和开腹手术，在医生的指导下选择恰当的治疗方法。
巧克力囊肿又名卵巢子宫内膜异位囊肿，是子宫内膜异位症的一种临床表现。如果有生育要求，进行手术性治疗药物治疗。保守治疗。保守治疗一般是指使用药物进行治疗，这样的药物也较多。通过药物作用让病人暂时停经3～6个月，卵巢内子宫内膜也不会出血，这样卵巢内的囊肿就可能缩小。
去专业正规的医院进行检查和治疗，遵医嘱用药。尽量吃清淡一点，要忌生冷和茶。个人的卫生习惯也很重要，内衣勤洗勤换。多用开水烫洗然后放在太阳底下暴晒。保证良好的作息，不要太晚睡觉。
卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种类型。平时多休息，避免劳累。注意囊肿破裂，避免剧烈运动。注意保暖，避免着凉，避免人工流产和刮宫及月经期同房。还是去做一下盆腔的彩超检查，根据检查结果选择手术治疗还是腔镜治疗还是药物治疗。
确诊后宜立即手术，因流出的囊液可引起盆腔粘连、不育或异位内膜的再次播散和种植。年轻未生育者在吸引和彻底冲洗吸引溢入盆腔内的囊液后，做囊肿剥出术，尽量保存正常卵巢组织，对维持卵巢功能和内分泌功能有助，对日后增加孕育机会也有助。对年龄较大且已有子女对侧卵巢正常、子宫无受累者为避免日后复发，也可考虑作患侧附件切除。双侧卵巢受累，原则上也尽量做囊肿剥出术，术后仍宜用药物治疗。
巧克力囊肿前期治疗方法有期待治疗，手术治疗，药物治疗和怀孕。对于巧克力囊肿小于3cm的病人，可进行期待治疗。即采取定期随访，并给予治疗轻微经期腹痛的抗炎镇痛药。如果体积大于3cm的巧克力囊肿，合并不孕，可采取手术治疗，剔除囊肿。