肝脓肿的治疗分为内科治疗、经皮肝穿刺置管闭式引流和外科切开引流，内科治疗一般是选择敏感的抗菌药物，清除阿米巴，同时还要进行穿刺吸脓、退热止痛、补充营养等治疗，治疗的时候要等脓肿完全消失，然后在一个星期左右的时间内进行巩固治疗，这样才能减少复发的几率。有可能出现破溃、脓肿较大、有破溃危险的患者，进行经皮肝穿刺置管引流术，但效果不理想的话，可以通过外科切开引流。
一些肝脏脓肿可以通过药物治疗单独治疗约一周，而一些肝脏脓肿需要在药物控制的基础上进行穿刺引流或手术切口引流，这可以显着增加住院时间，有些可能需要一个月或更多的恢复。
因人而异，不同人的体质不一样，对于身强体壮的年轻人太说，如果恢复的好，一个多星期基本上就可以出院了，对于年纪稍大的人来说，恢复能力差些，还是等到完全康复以后再出院，如果发生什么紧急事件，医院可以进行相关诊治。
肝脓肿发烧严重与否，需要根据患者的病情来判断。
肝脓肿是因为有了病菌，导致了肝内的化脓性变化。如果是因为肝脓肿导致的发热，要根据身体的整体反应来判断，在合理的使用抗生素、对症和营养的支持下，肝脓肿的发热会慢慢下降，发热的频率也会下降，这样的话，就会出现发热症状。出现这样的症状并不一定就是有什么大问题，比如肝脓疡发热不能及时的治疗，一般在38℃以上，伴有发热，寒战，高热，甚至是全身脓毒血症，全身炎症性休克，甚至是身体的脏腑功能衰竭。如果是肝脏的脓疡是由于不能很好的控制住，导致了身体的各个脏器功能的衰退，需要进行外科治疗，或进行穿刺，将肝脏的脓液全部排出，再进行抗生素的更新，这样可以有效的抑制肝脏的炎症。
3cm以下。肝脓肿分细菌性和阿米巴性两种，均为继发性感染，好发于右半肝。细菌性肝脓肿，以多发性或多囊性脓肿为主。阿米巴性肝脓肿，则以单发性单囊性脓肿常见。两者都有向腹腔，右侧胸腔或心包腔溃破的可能性，若不积极治疗，可死于肝功能衰竭，败血症，胸腹腔感染，胆道出血等。细菌性肝脓肿，病情急重，肝穿刺抽脓的应用，预后已有改善，仅部分患者，仍需手术治疗。阿米巴肝脓肿，则以非手术，尤其是穿刺抽脓治疗为主。
最短的时间是7到15天，如果合并其他疾病，时间会更长。具体需要消化内科的专家根据病人的情况制定适当的治疗计划。肝脓肿的治疗一般需要肝穿刺引流，目前治疗效果仍然很好。的确，这种疾病的治疗非常麻烦，而且疗程相对较长。