腱鞘囊肿具体发病原因不明，可能和长期外伤有关。可为损伤、过度劳损（特别可见于手和手指的关节处）、骨关节炎、某些系统免疫疾病。较多出现在需要长时间反复做一些关节活动的人身上，例如打字员和切菜工，经常看到的患处是手腕，手指和脚的部位。
如果患者发生腱鞘囊肿，出现疼痛症状，可以采取药物治疗，也可以到医院挤出脓液，帮助囊肿消除，必要时需要采取手术治疗。
较小的卵巢囊肿一般可吃些活血化瘀的中药，不需要进行手术的治疗。在用药治疗期间，一定要注意休息，不要过度劳累，不能食用辛辣刺激性的食物，保持心情舒畅，定期去医院做B超复查恢复的情况，祝早日康复。
肝囊肿通常很少引起疼痛。疼痛不适仅在伴随细菌感染和炎症刺激时出现。它主要引起压迫性疼痛，如体积增大和血液循环不良，导致胸闷和胸痛。肝囊肿可以通过疏通或外科穿刺引流来治疗。
囊肿不会癌变，但有些癌在病变过程中会长成囊肿。囊肿的囊壁是一层膜状结构，其内皮有分泌功能，能分泌浆液，如腱鞘囊肿、肾囊肿等，这些囊肿是良性病变，不会癌变。而在一些癌性病变，当肿块中间发生缺血坏死，坏死组织液化并被包裹，形成囊性结构，或一些恶性病变中具有一定的分泌功能的癌细胞逐步增长，形成囊性结节，就是癌性囊肿，如粘液囊腺癌。
皮脂腺囊肿是单个毛囊出现堵塞，导致毛囊分泌物在毛囊内积存而形成的。肛周脓肿是肛门周围皮下组织内感染形成的组织坏死液化区域。皮脂腺囊肿并不一定发炎感染，而脓肿则是感染的产物。皮脂腺囊肿感染之后也可能会形成脓肿。
