肝内胆管结石的治疗根据病情的轻重程度及治疗是不一样的。如果经过CT或磁共振评估，肝内胆管结石很少，或者根本没有引起胆道扩张，狭窄畸形，肝脏也无改变，也没有临床症状，那么这种结石可以不用特殊治疗，只需要平时注意避免劳累受凉，少吃油腻食物，必要时可以服用利胆药物即可。而对于有经常发作胆管炎或导致胆管狭窄畸形，或是引起肝脏萎缩，癌变等等情况等，需要进一步手术治疗。
肝内胆管多发结石是因为胆囊炎反复出现导致的，可以吃点口服利胆药，要定期进行复查，时候要是结石继续变大，时候就要进行手术治疗，现在还是要继续进行药物治疗，要多吃新鲜的水果和蔬菜，保持良好心情。
多发性肝内胆管结石指肝内胆管多发结石。肝内胆管结石是指发生于左右肝管汇合部以上的结石，肝内胆管结石的病因复杂，主要与肝内感染、胆汁淤积、胆道蛔虫等因素有关。
如果胆囊穿孔，是一种非常严重的疾病。由于胆汁在胆囊中，是一种化学物质，如果胆囊破裂，会引起胆汁性腹膜炎、继发性细菌感染、败血症等严重并发症。因此一旦明确需要考虑及时的外科治疗，访问肝胆外科，不能延误治疗时间。
胆管结石不严重，考虑胆管结石引起腹痛恶心呕吐不适情况，可以注意休息避免剧烈活动劳累，注意饮食清淡规律，忌辛辣刺激生冷油腻食物，可以考虑当地正规综合性医院普外科就诊b超检查看看，较小胆管结石应用一些排石利胆药物治疗观察。
肝内胆管结石不会自愈。如果患者有手术指征及早进行手术治疗。采取的手术方式是高位胆管切开取石术。如果患者肝内胆管结石造成某一叶的肝脏萎缩，可以行肝部分切除或者肝段切除。