巧克力囊肿手术后还会痛经，在手术之后还会有痛经的症状，这主要是因为本身的痛经并不是因为卵巢肿大所导致的，或者说痛经除了巧克力囊肿之外还有别的诱发因素，所以会导致做完了巧克力囊肿手术之后依然会痛经。
巧克力囊肿的复发几率还是非常高的。在临床上，如果巧克力囊肿的病人术后没有给予相应的干预，绝大多数都会出现复发的情况。主要是因为巧克力囊肿由具有活性的子宫内膜细胞种植在卵巢，才引起的这种囊肿，手术很难把这种活性细胞完全根除掉，所以就会复发。
巧克力囊肿一般术后不会复发的，配合生活方面注意就可以了。平时一定要注意休息，饮食要清淡，多喝水，多吃青菜和水果，不要吃生冷辛辣的食物，注意腹部的保暖，定期做好复查，有情况要及时去医院处理。
复发几率不大。巧克力囊肿术后人的对侧卵巢或同侧卵巢可能有新的病灶，医生又要开始重新用药，甚至有可能要面临再次手术。如果这种病人做过2-3次的手术以后，卵巢体积就会缩小，也就预示着卵巢功能会下降，将来有可能面临早绝经，或者卵巢的抗缪勒氏管激素会下降，卵巢的储备功能下降。
巧克力囊肿是由于子宫内膜异位到卵巢引起的。子宫肌瘤可能和内分泌有关，保守疗法一般是考虑中医中药的方法的，建议腹腔镜手术对症治疗，术后遵医嘱预防感染、对症治疗，并定期复查。
巧克力囊肿手术之后要注意，定期复查肝功能，生活上要注意的，就是好好休息一个月，一个月内不能性生活，不能盆浴，不能游泳。生活上还需要注意的就是不要吃冷冻的食物，不要抽烟喝酒。