需要选择手术切除进行治疗，外科手术是延长肝内胆管细胞癌生存期的首选治疗方法。恢复性手术切除范围取决于癌肿的部位及大小。恢复性手术切除术可以明显延长病人生存期。
在治疗上应该采取积极的手术治疗，把原发性肝癌的位置进行切除。如果手术不耐受，身体条件比较差，心肺功能又比较差，可以配合中药的巩固治疗。中医对肝内胆管切除以及不能耐受切除的病人都是有很好的作用，可以杀灭血液中残留的肿瘤细胞，还可以通过介入导管的灌注化疗。
肝内胆管结石的治疗根据病情的轻重程度及治疗是不一样的。如果经过CT或磁共振评估，肝内胆管结石很少，或者根本没有引起胆道扩张，狭窄畸形，肝脏也无改变，也没有临床症状，那么这种结石可以不用特殊治疗，只需要平时注意避免劳累受凉，少吃油腻食物，必要时可以服用利胆药物即可。而对于有经常发作胆管炎或导致胆管狭窄畸形，或是引起肝脏萎缩，癌变等等情况等，需要进一步手术治疗。
肝内胆管多发结石是因为胆囊炎反复出现导致的，可以吃点口服利胆药，要定期进行复查，时候要是结石继续变大，时候就要进行手术治疗，现在还是要继续进行药物治疗，要多吃新鲜的水果和蔬菜，保持良好心情。
肝内胆管癌是一种肝细胞癌。射频消融术或动脉灌注栓塞可用于不能切除的大肿瘤或多肿瘤患者。也可以选择靶向药物治疗。也可选择靶向药物治疗，配合中医药治疗。如果发现早，必须手术切除。根据手术后的病理阶段，有些需要化疗。
肝内胆管细胞癌的存活率在半年到一年左右的时间。肝内胆管癌的恶性程度比较高，病灶导致胆管堵塞出现皮肤、巩膜黄疸的症状，严重时可以导致出现转氨酶及胆红素升高，甚至出现肝肾综合征及胆酶分离的情况。
