选择宫腹腔镜进行手术需慎重，若选择不当可带来一定弊端。如黏膜下肿瘤较大，强行选择宫腔镜治疗会导致手术时间较长，术后出现TURP综合征的可能性较大，严重者可危及患者生命。若子宫肌瘤较大、卵巢肿物不易取出或有明显恶性倾向，强行腹腔镜，会导致手术时间较长、肿瘤扩散等。因此，应选择合适的适应症才能预防手术弊端。
愈后能够怀孕的几率还是比较大的。如果不能怀孕也可以做试管婴儿。但是不管是那种情况，对于精子和卵子的要求都比较高，建议吃高吉星片来锌硒同补，促进排卵和卵泡的形成。
宫腹腔镜的弊端是对手术者操作的要求较高。因宫腔镜和腹腔镜都是微创手术，使用较长的器械从腹部切口进入腹腔或经阴道宫颈进入宫腔进行操作，两种手术医生的感觉、手术难度不同，术中出血、对脏器损伤情况不同。如术中发现盆腔粘连较严重或出血较多，可能选择放弃微创手术，改为传统开腹手术。宫腹腔镜联合探查手术的目的是生育，但并非所有宫腹腔镜联合手术的患者都能在术后怀孕，但可为患者是否需辅助生殖技术提供可靠依据。
宫腹腔镜手术作为传统的通液技术存在很多的弊端，多次通水可造成输卵管积水更加严重，输卵管形成水囊，使输卵管功能紊乱，使不孕症更加复杂化，另外做输卵管通水患者痛苦大，对疼痛敏感的患者极易造成假性不通。
做完宫腹腔镜后复查的时间一般在1-2个月左右。
宫腹腔镜术后的复查，要看是什么疾病。如果是卵巢肿瘤等良性病变，建议一年复查一次，近期复查的内容是手术切口，如果是良性的，短时间内可以不做复查，因为短时间内可以观察到腹壁切口的愈合情况。良性病变的治疗，一般需要半年到一年的间期，而恶性肿瘤，一般需要1-2个月的随访，随着病情的稳定，可以延长到3个月。
宫腹腔镜手术后的弊端就是在宫腔镜检查时，不慎容易导致出血。如果是操作比较粗暴，会引起宫颈的撕裂、子宫的穿孔或输卵管假道、输卵管破裂。还会造成女性宫腔的感染，但是非常少见，多见于原有慢性盆腔炎病情的女性。