一般情况下，窦性心律失常的处理原则是这样的，对于不齐的患者，不需要进行任何的处理，只要是有原发性的，就可以进行相应的处理。
1、使用镇痛、控制感染、纠正贫血、改善心功能、控制甲状腺亢进等诱发因素是治疗窦性心律失常的主要因素，同时还可以使用β受体阻断剂；
2、窦性心搏过速低于40次可观测到心率低于40次；对于窦性心动过慢患者，若不能有效地进行心脏起搏器的植入，以预防其心脏不完全，有些患者的预后较好。
窦性心律失常很可能是长期窦性心律失常存在，很可能和个体体质有关。尽管会出现心律失常，但是这类病人很可能并不明显，通常不会造成太大不良影响。因此窦性心律失常者通常无需特殊处理。不过这类病人还应注意休息以免疲劳。
窦性心律失常也可能是病理性因素导致的，如心肌梗死、窦房结病变等，建议及时采取诊治。
注意适当加强营养、参加体育锻炼、增强体质。
治疗窦性心律失常要根据具体情况来选择。
首先是窦性心动过速，引起窦性心动过速的原因有贫血、发热、甲状腺功能亢进症等。确定原因后，再进行相应治疗。窦性心律失常可口服参松养心胶囊或稳心颗粒。窦性心动过缓和窦性心动过缓在正常人中比较常见，运动员也比较常见。此外，窦性心动过缓可导致窦房结功能减退，这时可以服用心宝丸、茶碱缓释片等提高心率的药物。
鼻腔内管消融是一种较为常见的方法，也是一种非常有效的方法。
做导管消融术的同时，还要做例行的检查，看看病人有没有达到要求。对于长期服用药物疗效不佳的病人，可以采用此法。
发生了窦性心律失常还，可以使用一些药物来进行治疗。在服用的时候要咨询医生，而不是随便到药房里买。患者要定时到正规医院做一次复查，以确定窦性心律不齐是否有所改善。
一般情况下，窦性心律失常t波改变可能与心肌缺血缺氧有一定的关系，尤其是t波的高尖、t波的下移、低平等，都可能是心肌缺氧的表现。出现这种情况的主要因素有病毒、细菌等，尤其是小儿，最容易出现的病因是心肌炎。可以口服一些有营养心肌的药物，例如：果糖磷酸钠、磷酸肌酸钠、维生素c等，建议患者在医生的指导下使用药物进行治疗，以免对身体造成不良影响。