主要就是肾脏的损伤。这一般都是因为结石体积比较大，直径超过两厘米、质地比较硬、多次碎石导致的；另外就是肾脏碎石后出血，这一般是因为反复多次碎石，两次碎石时间相隔太短，少于两周导致的；最严重的危害就是感染，这一般是因为结石本身已经导致梗阻，肾脏有感染，碎石导致细菌入血，引起败血症、脓毒血症问题，严重的有生命危险。
一般情况下，肾结石用体外碎石对肾可能有伤害有影响，但这种伤害通常能被修复，具体内容如下：
如果患者患有肾结石，采取体外碎石可能会对肾造成不同的损害，不过这些损害通常会在短时间内自行修复。目前临床上普遍认为，体外碎石导致的伤害主要是血尿，主要表现为肉眼血尿，这是因为在进行体外碎石时，结石被打碎后会对周围的细小血管产生伤害，但这种损伤通常会1-2日后痊愈，不会对肾脏功能产生永久的损害。此外，体外碎石后可能会导致肾脏肿大、肾脏血肿，但这种伤害通常比较轻微，大部分都会自行恢复，不会对肾脏功产生影响。
通常情况下，肾结石做体外碎石会影响肾。具体情况分析如下：
肾结石是指晶体物质从尿液中析出并沉积于肾脏，常见的症状有肾区疼痛、血尿、尿频等，肾结石大小不同、位置不同，治疗的方案也是完全不一样的，一般超过1cm的肾脏结石需要做体外震波碎石，患者如果做手术，可能会在手术过程中轻微地导致肾脏出血，因此肾结石做体外碎石会影响肾。
肾结石，若是直径较小，可以体外碎石，但若是结石较大，则不建议。
肾结石是否可以体外碎石要看具体情况，一般来说，体外碎石的肾结石一般是体积较小的肾结石，梗阻不严重的肾结石可以通过体外碎石来治疗，而且体外碎石需要输尿管没有梗阻性疾病才能起到很好的效果，如果是体积较大的肾结石或者已经出现严重梗阻的肾结石，则不宜进行体外碎石。因为这种病人的体外碎石效果并不是很好，主要是手术治疗，输尿管梗阻性疾病也不适合。
肾结石体外碎石后多久能同房因人而异。
患者对疼痛的耐受性不一样，所以同房的时间也会存在差异。如果碎石后，患者没有特殊的不适症状，精神状况比较好，可以当天进行同房，不会影响身体健康。
但是，如果患者存在腰部胀痛、尿频等情况，则不建议过早同房。患者可以休息三到五天再同房。是性活动是一种比较剧烈的活动，需要不断地改变体位，可能会导致患者过度疲劳，不利于身体的恢复。
肾结石体外碎石危害可能有一定的危害，但是不要过于担心。
尽管肾结石体外碎石是一种无创治疗，但也造成了一定的伤害，肾结石在体外碎石时，很可能会使患者产生部分内脏受损，例如，会使肾脏受到某种伤害，也可使患者血尿，肾结石流出时，也会使患者发生输尿管梗阻，由此导致患者肾绞痛，同时出现尿路梗阻等，会导致周围组织水肿。因此，如果患者患有肾病的话，在进行体外震波碎石之后，应该及时的采取保守治疗措施。当然多次体外震波碎石会有较大伤害，尤其对同一部位多次体外碎石效果更好，可使患者产生某些严重后果，可使患者发生肾破裂或肾衰竭急性发作，部分患者严重者可发生重度出血。但是不要过于担心，建议前往正规医院进行治疗。