巧克力囊肿主要是由于月经期子宫壁脱落的子宫内膜碎片因引流不畅，不能全部从阴道排出，有少量经输卵管向盆腔倒流。卵巢巧克力囊肿的病因尚未清楚，环境因素、生活习惯、精神状态等都可能与卵巢囊肿的发病有关系，但与已婚未婚没有什么关系。
种植学说，化生学说和上皮由来学说。常见的有经血逆流，医源性种植，淋巴传播和血管播散等，因为还有免疫学说。只要表现是痛经，而且还会进行性加重，另外还有性交痛，不孕或者月经失调等症状。
采用腹腔镜微创手术，灭活异位的子宫内膜，微创手术，创伤小，清除和灭活异位内膜病灶更全面。通过药消灭物微小的异位病灶，使之快速凋亡，并调控激素水平，避免子宫内膜异位症死灰复燃。
巧克力囊肿是子宫内膜异位引起的一种良性病变，是发生在卵巢上的隶属于子宫内膜异位症的一种。此病的特点是，手术复发率高。目前治疗相对比较好的是中医保守治疗。此病以继发性加重的痛经、不孕为主要表现特征。此病目前在妇科病症中的发病率占道了30%左右。
卵巢巧克力囊肿是一种疾病，具体分析如下：
卵巢巧克力囊肿是因为子宫内膜异位在卵巢深处，经血无法及时排出，从而滞留在卵巢中，形成了一个囊肿，这种囊肿一般都是巧克力糊状，也就是所谓的卵巢巧克力囊肿。卵巢巧克力囊肿是由于子宫内膜异位所致，会出现痛经、月经紊乱等情况，甚至会出现不孕的情况。卵巢巧克力囊肿的治疗方法有两种，一是保守治疗，二是手术，如果病情不是特别严重，可以口服激素类药物。
有巧克力囊肿并不意味着无法怀孕。巧克力囊肿又称卵巢子宫内膜异位症囊肿，是引起痛经以及不孕不育的常见因素。如果是比较小的巧克力囊肿，临床症状不典型时可以先尝试怀孕，是有几率成功怀孕的。但是如果巧克力囊肿比较大，或者引起明显的痛经症状时，建议应该先进行手术治疗，同时在术后使用药物才能够提高术后的受孕概率。
