一般情况下，无痛胃肠镜检查是存在一定风险的。
无痛肠胃镜首先就是无痛这个过程,在麻醉时患者可能会存在心率减低、血压降低等疾病,甚至可能会出现恶性的心律失常的情况。另外像胃镜、肠镜检查,同样存在风险。比如胃镜检查时,患者可能会存在食道和胃的黏膜损伤、穿孔、出血、感染等。
建议患者需要多多休息，养成良好的生活习惯。
一般来说，无痛胃肠镜与普通胃肠镜检查的区别如下：
二者的主要区别在于，一个是在患者较清醒的状态下进行手术，另一个是在患者进入睡眠状态下进行手术。普通胃肠镜检查比对较痛苦，通常口服利多卡因进行局部麻醉，会让患者感觉不适，导致呕吐的现象，也会觉得疼痛。而无痛胃肠镜检查，通常采取静脉给予丙泊酚等麻醉药物注射的方式，使患者进入睡眠状态，可在检查过程中及醒来之后没有任何不适感觉。
结肠镜检查多少会有不适感或者疼痛感，毕竟它也是属于一种有创检查。大多数人可以耐受。结肠镜检查是使用大约一米四长的镜子，可弯曲的，尾端装有一个光源带有微型电子摄影机的纤维软管。由肛门慢慢进入大肠，来回转动检查各个部位是否有病变，比如肿瘤或者溃疡。在结肠镜检查的前三天适宜吃无渣或少渣的半流质饮食。
不麻醉会有一定的疼痛感，如果紧张可以选择在麻醉状态下做。膀胱镜检查是将膀胱镜经尿道插入膀胱，以直接观察膀胱和尿道内病变的检查方法。手术中，需要放松心情，女性病人和用扩阴器做妇检一样，镜头可沿着尿道的生理弯曲度自然地进入，观察膀胱各个部位的病变从而进行检查。
肛肠镜检一般不会引起疼痛，但会有下腹部及肛门处胀胀的感觉病人可以耐受。镜检时会在肛门镜外壁涂抹石蜡油起到润滑的作用，方便镜子进入肛门。但如果肛门有病变，如肛裂、肛周脓肿、外痔及内痔炎症感染时，肛门镜检会因肛门镜摩擦病灶而出现疼痛不适。尤其是肛裂病人疼痛剧烈，原则上该类不予肛门镜检。
胃肠内窥镜检查包括胃镜检查和肠镜检查。胃镜检查前，胃肠道应保持清洁，以便清楚地看到病变并及早发现病变。对于胃镜检查，检查前的第一件事是饮食。可以在当天晚上吃半流质食物，第二天早上绝对禁食。禁食包括不吃早餐、不喝水。