手术后可以选择中药洗剂，对肛门局部进行清洗，每天对伤口进行消毒和换药。由于肛瘘是肛门局部感染性导致，术后伤口早期有脓液流出，属于正常的伤口自洁现象，需要保证局部伤口的引流通畅，不要穿过紧的衣物，保持肛门局部的清洁。
预防肛瘘首先养成良好的排便习惯，每日排便后坐浴保持肛门清洁，对预防感染有积极作用。建立正常的膳食习惯，因肛瘘的发生与湿热有关，对于油腻饮食，可以内生湿热，所以不宜多吃。
术后的二十四小时之后，要将伤口里面的填充物取出来，按时服用抗生素。肛瘘术后四十八个小时之后促进排便。日常要适当地做肢体动作，可以增强体质，对伤口的恢复更加快速。
肛瘘手术要忌辛辣刺激，多食新鲜蔬菜水果，少食多餐。预防大便干燥，每天温水坐浴，注意局部的清洁卫生，消毒伤口预防感染。需要注意营养来改善，同时需要注意休息帮助改善。
肛瘘绝大部分都是由肛腺感染引起的，由肛周脓肿破溃发展而来。肛瘘有许多诱因，比如进食生、冷、辛、辣等刺激性大的食物，比如过量饮酒，肛门着凉，长期疲劳，紧张焦虑等负面情绪过多。