肛周囊肿，经过手术后很多病人会反复发作，经久不愈。如果复发可以考虑再次手术，术后要注意护理，采用抗感染治疗，对症支持疗法，保持心情舒畅，做到乐观豁达，及时排解自己的不良情绪。
肛周囊肿不主要治疗手段其实还是手术，在手术过程中除了要充分切开脓腔来达到脓液引流外，还要进行有效、精准的去探查引起脓肿发生的感染源头，也就是说脓腔的脓肿引起的内口。手术完成之后，还要在专科医生以及护士指引下进行比较充分良好的换药，才能够有效避免其复发。
肛周囊肿是细菌感染引起的，疾病痊愈之后需要注意肛周清洁卫生，平时出现瘙痒或不适症状时候，保持局部透气可以预防复发。饮食上面多吃纤维和维生素高的食物，少吃辛辣饮食，保持良好的排便习惯。平时也要适量锻炼，不要久坐。
经验丰富的医生往往下刀准确，能找准病源并做到一次根除，不留后患，但一些医生因为缺乏临床经验，所以一些病患不久后病情再次复发。治疗好后要注意的事项非常多，尤其是肛肠类的疾病，手术后刚开始几天要保持清淡的饮食、避免辛辣食物；同时还不能久坐。
肛周囊肿恢复后的保养平时注意合理饮食，尽量忌酒忌辛辣刺激性食物，尽量让大便成型，便后及时清洗肛门局部，注意清淡饮食，多吃富含粗纤维的食物，比如蔬菜水果。养成按时排便的习惯，保持大便畅通，避免熬夜和久坐。
药物治疗和手术治疗，但是药物治疗只能缓解症状，手术治疗才能治得好肛周脓肿。很多发病后都寄希望于通过药物进行治疗。肛周脓肿药物治疗其实是一种误区，肛周脓肿用什么药都无法治好，只能缓解。很多由于害怕手术的疼痛，往往选择药物保守治疗肛周脓肿，结果却容易越治越重，越治越“漏”，本来只有一个瘘口却变成了两个三个乃至更多的瘘口，得不偿失。