中医治疗分为内治法和外治法。内治法需内服清热解毒，或者是益气、透脓、活血祛瘀等药物。外治法有外敷法和熏洗法。外敷法可以外敷清热解毒，活血祛瘀的药物。熏洗法可用中药坐浴。
肛周囊肿便前便后坐浴熏蒸，平时要注意局部的卫生，每天早上起来的时候喝一杯温盐水或凉白开水，这样可以使食物更快地消化掉。不要长时间坐着，多做一些运动。每天都要大便，但是时间要短。勤换内裤。
肛瘘的治疗原则是将瘘管切开，形成敞开的创面，促使愈合。肛瘘不能自愈，不治疗会反复发作，需要手术治疗。肛瘘的手术方式很多，手术是减少肛门括约肌的损伤，防止肛门失禁，同时避免肛瘘的复发。
肛周脓肿是由于肛管直肠周围软组织或周围间隙内发生急性化脓性感染所致。建议出现肛管直肠周围脓肿应及时治疗，少数肛周表浅的脓肿可采用抗生素治疗、热水坐浴、局部理疗等方法消散，但多数需要手术切开脓肿，充分引流脓液，防止其不断扩散，以减轻疼痛等症状。
肛周脓肿在中医上叫做肛痈。首先可以采用内治法，根据它发病条件不同，分为三个证型，如果是火毒蕴结型，可以清热解毒，使用仙方活命饮和黄连解毒汤加减。如果是热毒炽盛型，治疗上应该清热解毒透脓，可以使用透脓散加减。如果是阴虚毒恋型，治疗上应该养阴清热解毒，使用青蒿鳖甲汤合加减。