肛瘘的症状是会排脓，脓汁粘稠，黄色、味臭；瘘管日久的排脓相对较少，或时有时无，稀淡如水；若脓量增加，则表示新瘘管生成瘘管有时会暂时封闭，不排脓液，从而出现局部肿痛，体温上升。
肛裂疾病治疗方式主要是手术治疗肛瘘，另外不排除是由于长时间便秘，痔疮，肛肠脱垂或者是其他肛肠疾病而引起来的。同时手术后要注意避免出现感染，另外平时应该注意预防便秘，多喝一些蜂蜜水和酸奶。
肛瘘反复发作会对肛管直肠周围的组织造成严重损伤，肛门就无法对稀便进行控制，导致了肛门失禁情况的发生。肛门直肠受到炎症的反复刺激还会引发瘢痕挛缩，病人还会出现排便困难等现象，严重会有恶心、呕吐、肠梗阻等病症发生。人体免疫力就会因此降低，会增加肛瘘癌变的几率，而且病人还会经常出现便血等症状。
按病变程度分类：单纯性肛瘘，只有一条瘘管，内外口直通的肛瘘；复杂性肛瘘，瘘管和外口在两条或两个以上，但内口可以是一个或多个的肛瘘。按病变的深浅分类：低位肛瘘，瘘管管道位于外括约肌深层以下的肛瘘；高位肛瘘，瘘管管道位于外括约肌深层或耻骨直肠肌以上，内口在齿线或齿线以上的肛瘘。
肛瘘可形成直肠阴道瘘、直肠尿道瘘和直肠膀胱瘘，殃及周围脏器，最严重的是有恶变倾，影响身体，通常会出现身体虚弱，精神颓废，身体免疫力下降等症状，会出现贫血，身体消瘦。