中医称为肛门内合，属低位畸形。根据先天性肛门闭锁分类的不同，比如低位、中位、高位的不同，它的手术的方式也不一样。如低位无肛未合并瘘管者或者瘘管极细无法维持排便排气者，可行会阴肛门成形术：在会阴部、腹部做切口，将直肠游离，从盆腔至会阴做条隧道，将直肠穿出，与会阴皮肤吻合。或是低位锁肛手术等。
先天性肛门闭锁症又称锁肛无肛门症，婴儿出生后即肛门肛管直肠下端闭锁外观看不见肛门在何位置。一般可采用腹腔镜肛门成形术：通过腹腔镜在微创情况下，建立一条隧道，将直肠在会阴部做吻合，是最佳手术方式。或是低位锁肛或高位锁肛术等，是根据病情选择的。
中医称为肛门内合，属低位畸形。根据先天性肛门闭锁分类的不同，比如低位、中位、高位的不同，它的手术的方式也不一样。如高位的采用高位锁肛术，低位采用低位锁肛：常规消毒，不用局麻也可，只要将会阴皮肤切开，稍加分离，然后进行扩张。
先天性肛门直肠畸形占小儿消化道畸形之首位，一般采用腹腔镜肛门成形术：通过腹腔镜在微创情况下，建立一条隧道，将直肠在会阴部做吻合，是最佳手术方式。或是尾路肛门成形术，腹会阴肛门成形术等。根据MRI的临床分类制定不同的手术方案。
婴儿先天性肛门闭锁可以进行治疗，但只能通过手术治疗。此外，肛门闭锁分为几种类型。具体应该据当时检查的医生来判断。因此，医生应该积极配合治疗。这种疾病是畸形中最常见的疾病，所以不必感到太悲伤。
目前肛门闭锁治疗的方法有很多种，肠造瘘，会阴肛门成形，骶会阴肛门成形，腹会阴肛门成形，或低位锁肛术：常规消毒。不用局麻也可。只要将会阴皮肤切开，稍加分离，然后进行扩张，就可以治愈。