非手术治疗：包括热水坐浴、通便、理疗，有急性炎症可菌培养后应用抗生素。非手术疗法只适用于反复发作的脓肿初期以及手术前准备，但不能彻底。手术治疗：挂线疗法或手术切除。肛瘘都有内口，切开或切除内口是肛瘘的关键。明确内口，加以处理，才能治肛瘘。避免复发。
低位肛瘘是常见的肛周疾病，主要的治疗是手术治疗的，如果是不及时的治疗可致肛周反复的感染，甚至肿大胀痛及瘢痕化给后期的治疗有一定的困难，手术治疗后是看每个人发病史及病情严重程度及手术技术方式等而定。要一个月-两个月能好。
应该是注意休息一周的时间的。去医院复查，排除创面感染，假性愈合，水肿等情况后，建议可以每天用热的淡盐水肛门坐浴熏洗10分钟，来预防感染的发生及促进创面的愈合，保持大便通畅，不要干燥和腹泻，禁止吃一些辛辣刺激的，酒，海鲜类的食物。
低位肛瘘手术可以门诊手术，术后7到10天左右可以恢复。术后恢复多久还要看伤口和采用手术的方法，饮食要多喝水，多吃水果蔬菜，香蕉，苹果，猕猴桃，火龙果，芹菜，菠菜，木耳，蘑菇，冬瓜等，少吃辛辣，海鲜，辣椒，牛羊肉等。排便时间不宜过长控制在3到5分钟即可，平时不宜久蹲久站久坐，排便后有温水清洗肛门。
低位肛瘘手术恢复需要一个月左右，因为肛门这个位置每天需要有大便排出，而且位置容易感染，所以恢复比较慢。需要有耐心，要保持大便通畅，软而不硬，才有利于术后恢复。平时以流质软食为主。术后养成定时排便的好习惯，比如每天早起饮用一杯温开水，然后去等5-10分钟厕所，这样坚持可以养成定时排便的好习惯。
要看肛瘘的具体病情，肛瘘手术后7-10天可以正常生活，肛瘘的伤口在1到2个月会逐渐愈合。低位肛瘘手术之后创面出现炎症和肿胀的可能性比较大，需要病人注意日常的清洁卫生和饮食调理，避免需要进行二次手术。