低位复杂性肛瘘的症状有肛门间歇性或持续性流脓。—般无疼痛感，仅觉肛门口坠胀或坠痛，当脓液引流通畅后肿痛马上减轻。有时可因内口较大，粪便流入管道而引起疼痛，尤其是在排便时疼痛加剧。
复杂性肛瘘的主要症状就是肛门会来回的流脓和流血，并且可能会出现疼痛的症状。肛瘘只能通过手术的方法进行治疗，手术之后还是要按时进行换药，注意保持创面的清洁，保持创面引流通畅。所以还是需要及早的通过手术的方法进行治疗。
低位肛瘘与高位肛瘘症状是一样的，主要表现是肛门流脓、肿痛、肿块、瘙痒等症状，脓液经常刺激瘘口周围皮肤，致肛门皮肤瘙痒或湿疹。确诊是需要行肛门指诊或直肠镜检查，治疗是需要手术治疗的。
低位肛瘘常常只有一个外口，如果瘘管的位置表浅，可以在皮下摸到一条硬的索条，自外口通向肛管。高位的肛瘘位置较深，不容易摸到，外口有多个。有时脓液刺激的皮肤有瘙痒的感觉。如果外口暂时封闭、溶液积存局部呈红、肿并有胀痛。
低位肛瘘常常只有一个外口，如果瘘管的位置表浅，可以在皮下摸到一条硬的索条，自外口通向肛管。高位的肛瘘位置较深，不容易摸到，外口有多个。有时脓液刺激的皮肤有瘙痒的感觉。如果外口暂时封闭、溶液积存局部呈红、肿并有胀痛。