一般不能自愈，即使病情再轻，都需要一定的处理，可能有的一些中医采用一些药物治疗，会有一定的疗效，病情较轻的治疗后不会再次发作；但多数病人，肛瘘会反复发作引起瘘管走行加深，可能会引起多个支管，所以一旦确诊为肛瘘，建议及时手术治疗，可能会有较好的疗效，避免病情迁延不愈，带来更为严重的并发症。如果病程过长，会使肛门括约肌纤维化，造成肛门失禁及肛门狭窄的可能。
肛瘘由直肠脓肿破溃或切开排脓后形成的，随着脓肿逐渐缩小，肠内容物仍不断进入脓腔，在愈合缩小的过程中，常形成迂曲的腔道。一般形成篓道后多数需要手术治疗。一般在术后需要恢复1-2周时间。手术和消炎是治疗肛瘘的主要方法。
治疗肛瘘要住院术后一周抗感染治疗，两天做好术前准备然后进行手术，所以都是9天左右就可以出院了。出现了之后，也是要继续消毒，继续坐浴治疗，因为没完全长合，挂线也还没掉出来。
肛瘘多久能痊愈；手术后按时换药，平时注意卫生，勤清洗，便后清洗，一般需要2-4周可以痊愈。建立正常的膳食习惯，因肛瘘的发生与湿热有关，对于油腻饮食，可以内生湿热，所以不宜多吃。养成良好的排便习惯，每日排便后坐浴保持肛门清洁，对预防感染有积极作用。避免一直保持同样姿势，坐着工作的人每隔一小时要能走动三、四分钟。
一般治疗的时间和严重程度有关的，有的可能在一周到半个月左右的不等，需要定期到医院复查，平时一定要注意个人卫生避免感染，肛瘘的主要原因是肛周脓肿，直肠肛门损伤，肛门裂反复感染等因素导致的。