低位复杂肛瘘疾病容易复发，所以要注意坐时要让肛门处于悬空状态，便后用水清洗肛部，可以在医院买个电动肛门护理包，里面有肛部清洁器帮助便后清洗，肛部药浴盆放在马桶上熏蒸坐浴，坐姿时用肛部支撑垫帮助悬空伤口，促进水肿消退。
没有绝对不复发的疾病，肛瘘也不例外。也有可能会复发。肛瘘术后应该复发，自己可以通过饮食清淡食用膳食纤维蔬菜水果粗粮避免便秘，肛门清洁卫生，必要时肛肠科复查。平常还是要定时排便，多做提肛运动。
肛瘘属于肛门周围的炎症，溃烂，然后就是形成窦道等。肛瘘药物治疗效果比较差，需要考虑手术治疗。肛瘘术后也存在一定的复发概率，注意个人的习惯，尽量的不要吃刺激的食物，另外就是局部的地方注意卫生。
预防肛瘘首先养成良好的排便习惯，每日排便后坐浴保持肛门清洁，对预防感染有积极作用。建立正常的膳食习惯，因肛瘘的发生与湿热有关，对于油腻饮食，可以内生湿热，所以不宜多吃。
可能是解剖因素。肛门括约肌纵横交错，肌肉的舒张、收缩可影响管腔的塌陷闭合。或是引流不畅，脓液排除后肛门皮肤外口可能暂时闭合，管道及脓腔内的分泌物排出受阻，使管道不能自行愈合。