肛瘘是不能自己好的，不治疗会反复发作直肠肛管周围脓肿．因此必须手术治疗。治疗原则是将瘘管切开，形成敞开的创面．促使愈合。手术方式很多，手术应根据内口位置的高低、瘘管与肛门括约肌的关系来选择。
肛瘘临床症状主要是表现肛旁肿痛伴间歇性流脓。可出现肛门潮湿，严重时会出现肛门瘙痒，挤压外口，有脓性分泌物溢出，可扪及一条索状管道通向肛门。肛瘘是由于肛管或直肠与肛门因病理原因导致相同的一种异常管道。
有几个方面：流脓，是肛瘘重要的症状之一，会觉的肛门周围皮肤潮湿不适，周期性发作，时有时无；疼痛，一般无疼痛症状，如合并感染时，疼痛较明显；出血，瘘管坏死波及周围血管，引起出血；瘙痒，脓液常刺激肛周皮肤，引起瘙痒症；肿块，可在肛缘触及条索状硬块。
肛瘘的不仅给工作和生活造成不便，而且较长病程的肛瘘还有可能会形成直肠狭窄，导致排便困难，个别的长时间的病例还有癌变的可能性。肛瘘反复肿痛造成局部不适，以及脓水外溢，污染内裤，造成工作生活中的尴尬，也会造成排便困难。平时多食清淡并含有丰富维生素的食物，油腻生湿热的食物应有所节制，同时戒除烟酒及嗜茶的习惯。
肛瘘的症状是反复脓性分泌物的排出，瘘管通畅无炎症常不感到疼痛，只感觉局部发胀不适，行走时加重，如外口封闭，瘘管积脓，则有疼痛，排便时加重。肛门周围皮肤受分泌物刺激常感觉瘙痒。