肛瘘有严重症状主要表现为疼痛，瘙痒，脓性分泌物的溢出，以肛门局部的症状为主，全身的症状比较少见。肛瘘有内口，外口，瘘管组成。粪便等异物经内口进入瘘管，可引起局部感染化脓，形成一些肛周脓肿，脓肿扩散会破可导致肛瘘的形成。
由于脓液不断刺激肛周皮肤，常感觉瘙痒，肛周潮湿不适，皮肤变色、表皮脱落，纤维组织增生和增厚，有时形成湿疹。瘘管通畅无炎症时常不感到疼痛，只感觉局部发胀和不适的症状，步行时加重。当瘘管感染或脓液排出不畅而肿胀发炎时，可引起疼痛。内瘘时常感到直肠下部和肛门部灼热不适，排粪时感到疼痛。
肛瘘的症状是会排脓，脓汁粘稠，黄色、味臭；瘘管日久的排脓相对较少，或时有时无，稀淡如水；若脓量增加，则表示新瘘管生成瘘管有时会暂时封闭，不排脓液，从而出现局部肿痛，体温上升。
肛瘘是肛门直肠周围脓肿破溃或切开多在肛门外，脓液从外口流出，原发感染多在肛窦。肛窦则是继发感染的门户，反复感染，形成瘘道，肛瘘必须及时手术治疗，找到内口，切开引流排脓。肛瘘最严重的症状是导致肛门功能下降，甚至造成大便失禁。所以肛瘘需要早期需要尽早治疗。
肛瘘症状有局部红肿、疼痛、流脓、骚痒或湿疹，严重的还会出现发热的症状。发现症状要及时去医院检查，如果病情严重，需要手术治疗。多吃清淡富含营养的食物，不要吃油腻的食物。