挂中医院的肛肠科或者西医院的肛肠科，因为中医治疗肛瘘比较有特色、比较专业。肛瘘在中医里面已经治疗很多年，效果比较的明确。即使到西医院治疗，医院里面肛肠科的医生大部分也是中医学院毕业的或者曾经在中医院工作过的，不如一次直接到位，去中医院的肛肠科挂找医生。
直接去医院挂内科，肛瘘治疗的原则：去除病灶、通畅引流、维护肛门功能、维护肛门外形；肛瘘的治疗方法主要有：药物治疗是基础，是一个辅助治疗手段，对术前、术后都有很大的意义，手术是治疗肛瘘唯一的治好性措施。
需要挂肛肠科，肛瘘是肛管皮肤外口与齿线附近或直肠壁内口相通的瘘性管道，形成肛瘘前都有肛门肿痛病史。肛瘘流脓呈间歇性发作，流脓前肛门肿痛，流脓后肿痛缓解。肛门部有较多的汗腺和皮脂腺，经常分泌腺液。此处是细菌容易生长繁殖的地方，为了预防感染，应经常清洗、勤换内裤。增强体质。
有肛瘘是挂当地三甲医院的肛肠科。肛瘘是属于肛门周围感染化脓性的疾病，手术之后一定要按时进行换药。主要的目的就是保持创面的清洁与创面引流的通畅，防止复发的情况。肛门直肠瘘，常发生与肛门部位，直肠部位少见，所以简称为肛瘘，大部分肛瘘是由于化脓性感染所致，少部分为结核性感染引起，肛瘘发生在任何年龄段，多发群体为青壮年男性。
肛瘘是需要去肛肠科检查的。肛周脓肿流脓拖成肛瘘，肛瘘是肛管皮肤外口与齿线附近或直肠壁内口相通的瘘性管道，形成肛瘘前都有肛门肿痛病史。肛瘘流脓呈间歇性发作，流脓前肛门肿痛，流脓后肿痛缓解。为了预防感染，应经常清洗、勤换内裤。增强体质。