肛瘘的形成，往往是由前期的肛周脓肿，最后破溃形成的肛瘘，而肛周脓肿和肛瘘，肛周脓肿处于初期，急性期，一旦破溃了以后，过两三个月，它就会形成一个瘘管，形成肛瘘了，那么肛周脓肿又怎么形成的，一般都是因为抵抗力的下降，抵抗力下降以后，它就会感染，感染以后形成一个脓包，疖子破溃以后，常会有感染源，产生脓再往外流，这样就形成了一个，肛内和肛门外边，相通的一个管道，而形成了肛瘘。
肛瘘主要是由于肛窦感染引起的，肯定流过脓样液体，只是没有注意到。平时一定要养成良好的生活习惯，手术以后能注意避免吃辛辣的食物，多吃绿色新鲜的蔬菜，保证良好的睡眠。
肛瘘手术后不久(一般是术后1~3个月内)发生假性愈合的情况是指瘘外口和瘘管表面的皮肤看上去已经愈合了，但里面的瘘管并没有愈合而且还和瘘内口相通联，这就还会在瘘管内形成脓肿，最终导致肛瘘复发。
性激素的影响是肛瘘发生的主要原因。在青春期，人体自身的性激素开始活跃，随即一部分皮脂腺，特别是肛腺开始发育增殖，由于肛腺分泌旺盛，若加上肛腺排泄不畅或肛腺管阻滞，则易感染引起肛腺炎。
肛瘘这种疾病多继发于肛周脓肿，属于肛周的一种慢性感染性疾病。也有一部分，尤其是中青年人，有克隆氏病或者溃疡性结肠炎，也会表现为肛周多发的瘘口。病人会表现为肛周潮湿，有明显的分泌物，伴有异味，可以发现内衣潮湿。查体局部有瘘口，挤压有脓性分泌物，通常可以进行造影、核磁共振检查明确诊断。