肛瘘应积极治疗，一般常用挂线及切除的方法。术后要保持大使通畅，饮食应清淡少渣，不吃辛辣食物，可喝果子水，吃新鲜水果蔬菜。积极防止肛瘘的形成，肛门周围组织感染要及时治疗，平时注意肛门及阴部卫生。
术后的二十四小时之后，要将伤口里面的填充物取出来，按时服用抗生素。肛瘘术后四十八个小时之后促进排便。日常要适当地做肢体动作，可以增强体质，对伤口的恢复更加快速。
肛瘘的症状是会排脓，脓汁粘稠，黄色、味臭；瘘管日久的排脓相对较少，或时有时无，稀淡如水；若脓量增加，则表示新瘘管生成瘘管有时会暂时封闭，不排脓液，从而出现局部肿痛，体温上升。
肛瘘的护理主要是保持肛门部的清洁，避免肛瘘发生感染，形成脓肿。可以每天清洗肛门。主要是手术治疗，非手术治疗适用于不能手术的病人，因为肛瘘主要是由内口、外口和瘘管组成，非手术治疗只能是急性期消除炎症，不能消除瘘管，所以效果不好。
按病变程度分类：单纯性肛瘘，只有一条瘘管，内外口直通的肛瘘；复杂性肛瘘，瘘管和外口在两条或两个以上，但内口可以是一个或多个的肛瘘。按病变的深浅分类：低位肛瘘，瘘管管道位于外括约肌深层以下的肛瘘；高位肛瘘，瘘管管道位于外括约肌深层或耻骨直肠肌以上，内口在齿线或齿线以上的肛瘘。