出现肛瘘要及时治疗。药物治疗是很重要的方面，比如使用消肿止痛洗剂坐浴或者外涂金黄膏进行治疗。如果在急性发作期可以使用抗生素进行治疗，要注意抗生素治疗一般是在一周之内的。另外可以使用中药治疗，比如萆薢渗湿汤加化毒除湿汤加减，内服之后会起到较好的疗效。
对于低位肛瘘，选择直接把内口切除。对于高位复杂性肛瘘，直接切除会切断很多括约肌，如果这部分括约肌突然被切断，有可能导致肛门撕裂，采用橡皮筋挂线疗法，利用橡皮筋的弹性，逐渐切割开这部分括约肌，时间稍微要长一点，不会突然导致大部分括约肌的切断而导致肛门失禁，这是一种很安全的做法。后期随着橡皮筋把这部分括约肌切割开，创面慢慢长好，内口就不存在了，就能治好这种疾病。
对于低位肛瘘，选择直接把内口切除。对于高位复杂性肛瘘，直接切除会切断很多括约肌，如果这部分括约肌突然被切断，有可能导致肛门撕裂，采用橡皮筋挂线疗法，利用橡皮筋的弹性，逐渐切割开这部分括约肌，时间稍微要长一点，不会突然导致大部分括约肌的切断而导致肛门失禁，这是一种很安全的做法。后期随着橡皮筋把这部分括约肌切割开，创面慢慢长好，内口就不存在了，就能治好这种疾病。
得了肛瘘对生活质量的影响很大。肛瘘的治疗，有传统治疗和仪器治疗两种。可以采用仪器手术。因为现代人的工作，生活比较繁忙，治疗就要求高效。仪器治疗具有恢复快，无痛，微创的特点，病人术后当天就可以回家，不影响正常的工作及休息。
内口的处理可以每天按压肛门挤出里面的脓水，别让脓水聚在里面，可以口服抗炎药物治疗，每天在指导下可以坐浴治疗，让内口慢慢长好，不要吃辛辣刺激的食物。平时注意饮食，注意自身的营养均衡。
肛瘘的人要根据瘘口形成的部位，有多少个内口数量来决定治疗方法。治疗方法通常是挂线疗法或者是手术治疗。平时在家要注意肛门周边的卫生，尽量穿棉质宽松的内裤，便后及时清洗肛门。