肛瘘的症状是会排脓，脓汁粘稠，黄色、味臭；瘘管日久的排脓相对较少，或时有时无，稀淡如水；若脓量增加，则表示新瘘管生成瘘管有时会暂时封闭，不排脓液，从而出现局部肿痛，体温上升。
先天性肛瘘在畅通时一般无疼痛感，仅有局部坠胀感，但也有因内口较大，粪便流入管道而引起疼痛，尤其是排便或有炎症时疼痛加剧。因脓液不断刺激肛门周围皮肤可引起肛周瘙痒症，也可伴发肛周湿疹，先天性肛瘘，可伴有全身症状，如发热、贫血、消瘦和食欲不振等。
轻微肛瘘症状，流脓，肛瘘流脓的程度与瘘管的长短、多少是有一定关系的，新生的瘘管流脓较多，分泌物不断的刺激皮肤，出现瘙痒的症状，而且瘘管内的脓液积聚也会出现肿胀疼痛，甚至会引起发烧，而且瘘管外口排出的脓液一般是血性有粘稠性的，比较深的高位肛瘘，还会有粪便和气体排出。
肛瘘又称“肛门直肠瘘”，大部分肛瘘由肛门直肠脓肿破溃或切开排脓后形成。先天性肛瘘在畅通时一般无疼痛感，仅有局部坠胀感，但也有因内口较大，粪便流入管道而引起疼痛，尤其是排便或有炎症时疼痛加剧。因脓液不断刺激肛门周围皮肤可引起肛周瘙痒症，也可伴发肛周湿疹。先天性肛瘘，可伴有全身症状，如发热、贫血、消瘦和食欲不振等，先天性肛瘘的治疗以手术为主。先天性肛瘘是消化道畸形最常见的疾病。
流脓：脓液多少与瘘管大小、长短及数目有关。新形成或炎症急性发作期的瘘管脓多、味臭、色黄而浓厚，经久不愈的瘘管脓液较少或时有时无。脓液急剧增多，局部脓肿，体温增高。常因肛瘘炎症急性发作或有支管形成。结核性肛瘘脓液多而清稀，呈米泔水样，可有干酪样坏死物。肿块：肛缘索条状硬块。