细菌感染是最常见的原因。只要直肠粘膜或肛门粘膜的免疫功能异常，一系列细菌就会引起局部感染，进而产生直肠炎症。据统计，这些病毒或病原体包括淋病、衣原体、巨细胞病毒、弯曲杆菌、沙门氏菌等十多种。
造成直肠炎的原因有慢性炎症的刺激：长期的慢性炎症可能是引起肛门直肠炎的要素。如慢性细菌感染、阿米巴痢疾、慢性非特异性结肠炎、憩室炎等，使得粘膜发生肉芽肿、炎性变和假息肉阶段而发生炎变。
长期的慢性炎症可能是引起肛门直肠炎的要素。如慢性细菌感染、慢性非特异性结肠炎等，使得粘膜发生肉芽肿、炎性变和假息肉阶段而发生炎变。此外，痔疮、肛瘘、肛裂、毛囊炎等长期刺激肛门皮肤，也可引起炎变。饮食不慎、过度饮酒、过食刺激性强的食物等，不适当的长期服用泻药，肛门内腐蚀性药物过多，细菌感染均可引起直肠炎。
常有发作期与缓解期交替或持续性逐渐加重，偶呈急性暴发。直肠炎症状反复发作的原因有，轻信偏方、盲目治疗，许多人由于各种各样原因，不去正规肛肠医院进行治疗。轻信偏方，盲目服用药物，其结果只能是越治越重，治疗浅尝辄止，部分人虽然接受了正规治疗，但是却不能坚持下来，病情稍一缓解就擅自停止用药，结果造成病情反复发作，以至于越来越重，还导致疾病对药物的敏感性下降，耐药性增强，治疗难度加大。
直肠炎绝大多数都是因为不良的饮食习惯引起的。刺激性食物。便秘大便干燥。刺激直肠就会出现这种症状。清淡饮食，忌食辛辣刺激性食物。保持大便通畅，可以适当口服一些润肠通便的药物。采用中药灌肠，药物直达病灶，效果会更好一些。