长期吃益生菌的后果是容易过敏，反复感染，尤其出现反复胃肠道感染以及消化不良等，肠道的微生态系统不太正常，也应该补益生菌，作为大一点的小孩或者肠道微生态系统还比较好，也没有相应临床症状，则没有必要长期补益生菌。
益生菌是肠道保持平衡促进营养吸收的根本，可以有肠道自己产生，当人体服用抗菌素，或者摄入的维生素缺乏的时候会造成繁殖减少，比较多的服用益生菌不利于肠道自身的产生所以请尽量不要长期服用，可以间断给药。
益生菌对人体的消化有一定的好处，可以食用，但是不能长时间给宝宝食用益生菌，也可以在食物中加入益生菌。
宝宝的消化系统正在发育，调节能力也会越来越强，长期使用益生菌很有可能会上瘾，从而影响身体的发展。消化不良宝宝在服用益生菌后可以停药。
对于消化功能失调，不能依赖于益生菌，日常生活中要多带宝宝锻炼，增强抵抗力，饮食要合理，不要养成偏食的不良习惯，还要多喝水。益生菌不能长时间食用，如果宝宝出现了便秘、腹泻等情况，可以适当的服用。
益生菌是不能长期使用的，这种益生菌虽好能维持人体的肠道平衡，但是长期服用可能会导致肠道菌群失调，吃太多了反而容易出现拉肚子或者是腹痛的症状。服用益生菌一定要注意温度，不能超过37度，因为在高温环境下益生菌对人体的功效会大大的减少。
益生菌不会产生依赖，但是长期使用同一种益生菌会造成肠道菌群平衡失调。所以不要连续用同一种益生菌超过一个月，如果改善不明显，需要继续使用，就更换其他品牌的益生菌。
益生菌可以调节肠胃，助消化，还可以增加免疫力，是可以长期吃的。一般消化不良，便秘都可以服用。爱感冒易患病的体质也可以长期服用点，可以增加免疫力。一天在任何时候都可以服用益生菌，不分饭前饭后，副作用相当少。平时可以多喝水，多吃点蔬菜水果，多吃点易消化的食物，少吃刺激性大的食物。