如果只是蹲下小腿肌肉疼，应该是由劳损所引起的，长时间过度运动，导致肌肉长期处在紧张的状态，所以出现疼痛。此时，应该注意休息，放松肌肉，必要时可以使用肌松药物。
如果小腿肌肉拉伤疼，可以通过外用药物、物理治疗等方式进行处理。
如果仅仅是肌肉劳损，排除了骨头受损，那么应该多加休息，可以使用云南白药喷雾剂，具有消炎、止痛、舒筋的作用。同时，要尽量不要久站，注意多休息，可以通过热敷，针灸等方法来减轻身体的不适症状。需要注意的是，尽量避免食用辛辣和生冷的食品，避免吸烟和饮酒，一般在2-3日内即可痊愈。如果肌肉拉伤伤到骨头，则需要采用石膏固定或者手术进行治疗。
临床上患者出现这种情况后，可以按以下方法来治疗：
首先，要积极主动地进行下肢肌肉的等张收缩练习，然后在康复医生的指导下进行被动的肌肉按摩、揉搓、理疗仪烤电等，还用保持仰卧位，抬起下肢，做蹬自行车动作，防止肌肉萎缩，减轻疼痛，还能有效地活动关节，防止关节僵硬。另外，如果患者活动时出现疼痛感，可以采取相应的治疗措施。可以口服待因片、镇痛药等。
小腿的外侧出现肌肉疼痛，多是由于运动量过大，或是由于超负荷的运动，导致肌肉出现痉挛的现象。或是出现肌肉拉伤情况。当出现肌肉疼痛后，应采取热敷的方式来进行，缓解疼痛。
腰部肌肉疼痛具体的治疗方案取决于病因及程度。具体治疗方案建议患者尽快到当地公立三甲医院脊柱外科门诊进行医生查体检查，然后进行针对性检查，如核磁共振检查或CT检查，明确诊断及当前病情程度，才能确定下一步有针对性的治疗方案，比如局部中医物理治疗辅助用药，以及后期康复期功能锻炼等。
外伤所致腰部肌肉韧带急性损伤，早期是平躺在硬板床上卧床休养3~6个周，具体时机视当时受损情况而定.还可协助非甾体消炎止痛药来减轻症状，2周左右可协助物理治疗，6周后症状好转，主要开始进行腰背肌功能锻炼。如果腰间盘突出症导致或长时间慢性疲劳过多受伤等，导致局部肌肉韧带慢性无菌性炎症所致疼痛在急性期，还建议患者平躺在硬板床上约2~3周进行局部物理治疗。