南瓜子是一种营养价值比较丰富的食物，但是摄入体内过多有可能会吸收过度的植物油，引发脂肪堆积，从而形成肥胖现象。而且南瓜子有轻微的毒性，会刺激人体的肝脏，引发恶心、呕吐、腹痛、腹泻等现象，所以应该不要吃的特别多。而正常人群适量的吃一些南瓜子可以灭菌杀虫，有利于改善肠道功能，对于肠道寄生虫性疾病有很好的调节作用。
南瓜子不要生食。生食不但口味不好，而且食用后的保健作用不大。还有已经氧化腐败的南瓜子不要食用，食后容易引起恶心、呕吐、腹痛。胃热病人宜少食，否则会感到脘腹胀闷。
可以帮助疏通血管，也可以帮助人降低血压，而且有疏通肠道的功效，平时患有高血压的病人可以适当的吃一些，对于降低血压的效果还是较为明显的，而且适当的吃一些南瓜子，也可以帮助人均衡营养，更可以帮助体内所需要的微量元素。
南瓜子富含微量元素，可以对男性的前列腺起到保健作用。比如一些前列腺疾病的患者，多食用南瓜子具有一定的保健作用。但建议患者不要以南瓜子作为药物治疗前列腺疾病，当前列腺出现发炎、肿瘤或其他疾病时应当到正规医院寻求治疗。
南瓜籽的好处有，糖尿病人服用，可以防治糖尿病，具有降低血糖的作用。促进人体的新陈代谢，并促进人体的造血功能。可以合成胰岛细胞所必须的微量元素。体内的有毒物质，改善基因突变。有明显的防癌功效，帮助促进消化。保护肝脏。
南瓜子油中含有大量不饱和脂肪酸，它能加快人体内脂肪酸代谢，也能抑制人体内过氧化脂质生成，平时经常食用能软化血管净化血液，还能清理血液中的胆固醇与甘油三脂，能让人类的血压与血脂保持稳定正常的状态。南瓜子油还是一种能健脑益智的食用油，这种油中含有丰富的维生素的矿物质还含有一些植物磷脂，被人体吸收以后促进脑细胞再生，也能促进智力发育提高记忆力，能让人类的大脑功能明显提高，也能变得越来越聪明。