南瓜子具有益气消炎，止痛解毒，杀虫，降血糖，解除干渴的功效，可用来治疗脾胃虚弱，糖尿病，蛔虫等疾病。南瓜子中富含丰富的维生素和果胶，具有很好的吸附作用，可以有效的清除体内的细菌、毒素及其他有害物质，能起到一定的解毒作用。
可以帮助疏通血管，也可以帮助人降低血压，而且有疏通肠道的功效，平时患有高血压的病人可以适当的吃一些，对于降低血压的效果还是较为明显的，而且适当的吃一些南瓜子，也可以帮助人均衡营养，更可以帮助体内所需要的微量元素。
吃生南瓜子有杀虫止痛、通乳下奶的好处。生南瓜子性平、味甘，主要用于绦虫导致的腹痛证，具有杀灭绦虫虫体、促使绦虫泻下排出的作用，有效改善绦虫引起的肛门瘙痒、腹痛、营养不良、面色萎黄等症。对于蛔虫证、血吸虫证也有一定的疗效。
南瓜籽不管是生吃，还是熟食都是可以的，生吃的口感没有熟吃好，但生的药用价值比熟的高很多，南瓜子含有丰富的氨基酸、不饱和脂肪酸、维生素及胡萝卜素等营养成分，经常吃南瓜子不但可预防肾结石的发生还可促进已有结石的排出。
熟南瓜子可以杀虫止痒、利水渗湿、消肿止痛、通经下乳，对于寄生虫性疾病有很好的改善作用，而且可以加速身体内水分的代谢，能够改善四肢肿胀的现象，而从营养学的角度来讲，南瓜子中的纤维素、维生素、钙离子的含量都比较丰富。
南瓜子油中含有大量不饱和脂肪酸，它能加快人体内脂肪酸代谢，也能抑制人体内过氧化脂质生成，平时经常食用能软化血管净化血液，还能清理血液中的胆固醇与甘油三脂，能让人类的血压与血脂保持稳定正常的状态。南瓜子油还是一种能健脑益智的食用油，这种油中含有丰富的维生素的矿物质还含有一些植物磷脂，被人体吸收以后促进脑细胞再生，也能促进智力发育提高记忆力，能让人类的大脑功能明显提高，也能变得越来越聪明。