吃南瓜子过多会导致营养和脂肪增加，容易发胖，所以南瓜子要适量食用。南瓜子还有一定的温补作用，如果女性体热，并且进食过多，会造成热毒在体内积累，引起身体不适，让人容易上火。
南瓜子营养物质丰富，还有一定量的脂肪，如果一次吃南瓜子过多会导致营养和脂肪增加，容易发胖，所以南瓜子要适量食用。南瓜子还有一定的温补作用，如果女性体热，并且进食过多，会造成热毒在体内积累，引起身体不适，让人容易上火，在吃南瓜子时，做好适量喝些水。女性如果患有肝病，糖尿病或者胃热，不要食用南瓜子。
好处，南瓜籽含锌丰富，能杀灭肠道寄生虫。含有丰富的泛酸，这种物质可以缓解静止性心绞痛，并有降压的作用。还含有丰富的氨基酸，不饱和脂肪酸维生素及胡萝卜素等营养成分。经常吃南瓜籽不但可以预防肾结石的发生，还可以促进结石的排出。坏处，已经氧化腐败的南瓜籽不要食用，食后容易引起恶心、呕吐、腹痛。南瓜籽不要与羊肉同食，可能会引起腹胀、胸闷等症。胃热要少食因会感到脘腹胀闷。食用南瓜籽应适量，一次不要吃得太多。
南瓜子能促进人体发育，但如果吃的过多，容易造成胃肠道不适，引起血脂升高，出血等一系列不良反应。
南瓜子中含有锌，可以促进智力发育，是儿童发育不可缺少的微量元素，能避免孩子因为缺锌出现发育迟缓、异食癖等症状。但因南瓜子的脂肪含量较高，热量易超标，胃肠不好和容易胀气的人食用过多会引起消化不良、腹部闷胀等。还会增加热量和脂肪摄入，不利于血糖和血脂的控制，尤其是本身就有高血压或者糖尿病的患者，会加重病情。
建议在食用南瓜籽时最好选择未剥壳的原味南瓜子，因为外壳可以保护瓜子仁不受外界污染，减缓脂肪氧化，延长保质期。
南瓜子虽然看似不起眼却有着很高的营养价值，南瓜子中含有丰富的脂肪油、蛋白质、胡萝卜素、维生素B1、B2、C及南瓜子氨酸等多种营养成分。南瓜子除了含锌之外同时还含有活性生物触媒剂。
吃南瓜子可以防治糖尿病，具有降低血糖的作用。促进人体的新陈代谢，并促进人体的造血功能。可以合成胰岛细胞所必须的微量元素。消除人体内的有毒物质，改善基因突变。有明显的防癌功效，帮助促进消化。保护肝脏，消除人体内的有毒物质。有很好的解毒作用。