根据病情选择支气管镜下取石，或者是手术切除的方法。对于不伴有肺实质损伤的，可以首选支气管镜下取石，微创的并发症较小。对于反复出现肺部感染，以及反复大量咯血以及肺脓肿的，可以选择手术切除的方法。
牙结石可以用电动牙刷，洗牙，龈下刮治的方式去除。牙结石是由于牙齿表面出现黄色的钙盐堆积物黏附后形成，从而产生牙齿发黄、牙龈感染，产生口臭等症状。平时饮食尽量多吃粗纤维食物，粗纤维的食物能对牙齿表面起到摩擦的作用。
结石疼的时候可以肛门内给药，最常见的就是双氯灭痛栓50mg纳肛，一般3-5分钟就可以缓解疼痛。也可以肌肉注射止疼药物，比如强痛定、杜冷丁、654-2、黄体酮等，也可以静脉滴注间苯三酚、654-2。
可以通过服用止痛消肿的药物来缓解疼痛的症状，也要注意多喝水，多喝水多排尿也有助于结石的排除，如果结石比较大可以考虑使用体外震波碎石治疗或者是手术治疗，肾结石的治疗要根据结石的大小来具体操作。
小孩得了胆结石可以通过保守治疗、手术治疗的方式进行处理。
胆结石在任何年龄阶段均可发病，但是结石发生与遗传因素、饮食习惯、生活习惯等有关，胆囊胆管因素等，感染因素及其因素相关。胆石症可分为胆固醇性，胆红素性和非特异性三类。视情况可采取药物治疗，手术治疗等方法，药物治疗通常是用某些化石用药，排石用药。在这些方法中，药物排石法是最有效的方法之一。手术治疗既可微创取石，也可胆囊切除。对于有症状者可选择保守性方法进行治疗，如开腹探查术，腹腔镜下胆道引流术。
此外，治疗期间应以清淡饮食、低脂饮食、高纤维饮食为主。
