肛瘘手术后复发是临床上并不罕见的一个现象，内口处理不当、肛门腺处理不当、瘘支管及其瘘空腔清除不彻底就好引起复发，必须进行降糖治疗，只有这样，才可能取得良好的治疗效果。
普通的肛瘘手术复发率比较低，但是复杂性的肛瘘手术，手术比较复杂，复发率比较高。普通肛瘘是只有一个瘘管或者是两个瘘管，复杂性肛瘘，有些可能是五六个瘘管，所以复发概率是比较高的。
肛瘘复发跟手术时间或者术后的时间没有直接关系，而是跟瘘管类型有关系。低位单纯性的肛瘘，术后复发率是相当低的。而高位的肛瘘复发率要大大高于低位肛瘘，复发率甚至可以达到30%以上。所以肛瘘的复发率是和瘘管类型有关，而跟手术后的时间没有关系。
为了调查肛瘘手术后复发的原因，其中95％以上是因为内腔未被准确发现，或者感染的原发病灶，感染的肛门窦，肛门腺管和肛门腺，以及支管和瘘腔完全切除。清洁，因为祸根没有被移除，所以它会复发，所谓的“除了网络之外的隐患，而不是最终会有害”。由于肛门窦较小，肛门腺管和肛门腺倾向于弯曲，有的向上，有向下，广泛分布在括约肌间隙，可在感染后传播。
肛瘘若是处理到位了，一般是不会复发的。肛瘘是由内口，窦道以及外口三部分组成。行手术的时候，最主要的是要把内口处理到位。同时还要把各个管道清理干净。然后让伤口从底部逐渐的愈合。经过这样的处理，肛瘘一般不会复发的。但若是内口处理不到位，或者是管道没有清理彻底，这样很容易出现肛瘘复发。一般肛瘘复发多在术后半年以内。
高位马蹄形肛瘘是很容易复发的，强锻炼，促进身体的血液循环。合理调配饮食，日常饮食中可多选用蔬菜，水果，少含辛辣刺激性的食物，养成定时排便的习惯，忌蹲便时间过长。