一般就是酸胀顶的慌，自己放松不要紧张就好；就是在静脉麻醉下做肠镜，也就睡十几分钟醒来就没事了，一般没有什么副作用，建议不要担心。但是无痛肠镜需要提前预约，大夫需要说好多注意事项，做术前评估。
肠镜检查不太舒服，但是说不上很痛苦，大多数人都可以检查下来，肠镜检查前一天禁止吸烟。要有成人亲友陪伴，术前取下假牙，女士去妆。检查前两天进食容易消化饮食半流质如稀饭，禁食含粗纤维类食物。检查前一天米汤、牛奶、豆浆等流质饮食，检查当天禁食。检查后24小时内禁食辛辣食物，12小时内不能饮酒。检查后24小时内不得驾驶机动车辆、进行机械操作和从事高空作业。
做肠镜检查基本没有痛苦，会有一些不舒服症状的，不会特别的疼痛，在检查过程中，会向肠道内注入一些二氧化碳气体，使肠管充盈，更便于观察肠粘膜情况，肚子有些胀胀的感觉，检查结束前，会尽量把气体排净。病人左侧卧位只需要露出肛门即可，不用全脱衣服，所以没有什么可尴尬的，平时一定要注意保养，要注意保持三餐规律饮食，多吃一些营养容易消化的食物和新鲜的蔬菜水果。
一般来说，胃镜要稍微比肠镜痛苦一点，具体分析如下：
肠镜和胃镜检查在临床上很普遍，并且随着医疗手段的改进，这两项检查基本都不会非常难受，通常胃镜要稍微比肠镜痛苦一点。建议患者前往正规医院进行胃镜和肠镜，以免导致检查结果出现偏差。如果患者出现不适症状，建议患者根据实际情况前往医院就诊检查，然后在医生的指导下进行治疗。
肠镜检查不舒服，但是可以坚持下来的。通过安装于肠镜前端的电子摄像镜头将结肠粘膜的图像传输于计算机处理中心，然后显示于监视器屏幕上，通过显示屏幕可清楚观察到大肠粘膜的细微变化如炎症、糜烂、溃疡、出血、色素沉着、息肉、癌症、血管瘤、憩室、粘膜下病变等。还可以通过肠镜的器械通道送入活检钳取出米粒大小的组织，病理切片进行检查，以判断病灶的性质，也可进行镜下息肉治疗、止血、病灶标志物定位、特殊染色处理等。