肛瘘不做手术很难自行愈合，保守治疗往往不能凑效。如果害怕做大的手术，可以给予挂线疗法。如果肛瘘长期得不到去根的治疗，慢性炎症的不断刺激，具有一定的恶变倾向。临床很多老年性肛门癌有肛瘘病史，常见有鳞癌和粘液腺癌，恶性程度均较高。
肛瘘不做手术会有流脓和流水的现象，可能会发生反复的感染或者出现疼痛等局部症状。肛瘘是一种慢性炎症性疾病，如果长期得不到医治，在慢性炎症的不断刺激，会出现恶变倾向。
肛瘘的症状是会有肛周经常的流脓流水，并有瘙痒或疼痛，反复发作，经久不愈等症状，治疗是要手术治疗的，也可以找中医外科大夫上药捻进行治疗，注意休息，应到正规医院检查和治疗。
肛瘘可以治好，对于肛瘘治疗的原则就是采取手术方法进行治疗。单纯性肛瘘未见症状反复发作，肛瘘处于静止期，可以暂时观察。对于肛瘘反复肿痛、流脓、反复发作，因为肿痛、流脓反复发作可以刺激局部组织增生，反复增生容易造成局部组织恶变的可能性，所以及早采取手术的治疗方法，彻底解决。
预防肛瘘首先养成良好的排便习惯，每日排便后坐浴保持肛门清洁，对预防感染有积极作用。建立正常的膳食习惯，因肛瘘的发生与湿热有关，对于油腻饮食，可以内生湿热，所以不宜多吃。