对于肛瘘的原因，绝大多数肛瘘是由于第一次肛周脓肿，肛周脓肿成熟，自行破裂或手术切开引流，形成一个外口，于外口的快速生长，脓肿往往是假性愈合，导致脓肿反复破裂或手术切开，形成多个瘘和外口，使简单的肛瘘成为复杂的肛瘘。此外，肛瘘也可由特定的肠道炎症引起，如结肠炎、克罗恩病、恶性肿瘤、肛管外伤感染等，但较少见。
一般可能是痔疮引起的，痔疮主要是看轻重的程度，一定要调整饮食生活规律，多食用富含纤维的食物。多吃蔬菜水果谷类。还可以促进肠蠕动利于排便。不要吃辛辣油腻的东西，酒咖啡也尽量少喝。
肛门周围脓肿：主要因污染粪便滞留肛隐窝，引起肛腺炎，导致肛门周围脓肿，是肛瘘形成的主要原因。直肠肛门损伤：外伤、来自消化道的骨性异物、金属、肛表及肛门窥器检查损伤肛管直肠，细菌侵入伤口即可引起肛门周围脓肿。肛裂：肛裂反复感染，可引起皮下瘘，也可引起肛腺炎。
由于久坐，便秘，肛周不洁，进食油腻肥厚辛辣导致的。需要增加纤维性食物，改变不良的大便习惯，保持大便通畅，防治便秘和腹泻。热水坐浴可改善局部血液循环。肛管内注人油剂或栓剂，有润滑和收敛作用，可减轻局部的疹痒不适症状。
肛瘘是肛周脓肿的后期，是炎症的慢性化阶段。它的来源主要是肛腺感染和皮肤感染两个途径，其中以肛腺感染最为常见。肛瘘的表现主要有反复的破溃、流脓、溢液，有时可伴有粪便或者鲜血自瘘口流出。如果伴有感染，可再次出现肛周脓肿的表现。
如果在孩子很小的时候没有养成良好的排便习惯，那么是会引起肛瘘疾病，新生儿大便应该是稀释的才对，不应该存在干燥的现象。如果一出生就开始有干燥大便，那么在便秘过后就要考虑给孩子做检查了，当知道孩子肛瘘之后就要及时地治疗，而孩子肛瘘的形成原因还有可能是由于肛门周围遭受到了严重的感染所导致的。
