临床上肛瘘有两种治疗方法：堵塞法：无创伤无痛苦，适合于单纯性肛瘘。手术治疗：原则是将瘘管切开或切除，形成敞开的创面，促使愈合。手术的关键是尽量减少肛门括约肌的损伤，防止肛门失禁，避免肛瘘复发。肛瘘难以自愈，不治疗会反复发作并形成直肠肛管周围脓肿，因此绝大多数肛瘘需手术治疗。
肛瘘多久能痊愈；手术后按时换药，平时注意卫生，勤清洗，便后清洗，一般需要2-4周可以痊愈。建立正常的膳食习惯，因肛瘘的发生与湿热有关，对于油腻饮食，可以内生湿热，所以不宜多吃。养成良好的排便习惯，每日排便后坐浴保持肛门清洁，对预防感染有积极作用。避免一直保持同样姿势，坐着工作的人每隔一小时要能走动三、四分钟。
患有肛门脓肿的一般都可以用多普勒超声检查是否有肛瘘，它是可见的，到三级以上的正规医院做肛肠检查，可以做肛门指检查和肛门内窥镜检查，也可以进行局部彩色多普勒超声和CT检查，找出症状的原因治疗，必要时手术治疗。
约2-3周左右。可采用切开加挂线疗法，是高位肛漏的一种常用手术方法。此法具有简便、经济、不影响肛门功能、瘢痕小等优点。其机理是切开部分漏管周围组织后利用结扎线的机械作用。
肛瘘多为化脓性感染所致，少数为特异性感染，如结核、克罗恩病、溃疡性结肠炎等感染亦可所致。最佳治疗办法可以手术处理。通常术后需要半月到一月时间恢复，手术观察期间一定要注意饮食生活作息，少吃辛辣刺激的食物，少喝酒，多注意局部的卫生清洗，勤换内裤。