肛窦炎症很难自己好转，容易出现肛裂，还有肛周脓肿的，所以需要通过消炎药物控制改善，还有就是保持大便的通畅，按照临床的角度，主要是消毒药物坐浴清洗或者是肛门栓剂药物消炎治疗。
轻度的肛窦炎，如果用温水坐浴，可能会自愈，如果稍微重一些，可以口服点消炎药，或者是灌一些消炎药，另外也可以用点外用的消炎的药膏，那么通过治疗，肛窦炎会自愈的。
大部分是因为腹泻，便秘或者异物堵塞造成的感染发炎，导致肛门周围出现出血的反应，从而引起肛窦炎。平时做好自身护理工作，饮食方面，禁食辛辣刺激食物，多吃水果蔬菜，补充维生素。
肛窦炎的病人可以肛门指诊检查、肛门镜检查等检查的结果进行相应额打确诊。如果病人是症状轻微的是可以采取药物治疗、坐浴的方式进行保守治疗。在病情恶化时，病人可以采取切除术、切开术等手术治疗。
治好肛窦炎可以温盐水坐浴局部，使局部保持清洁，同时可口服抗生素，肛窦炎经药物治疗无效，或肛窦内已成脓肿，或并有肛乳头肥大和隐性瘘管的病人，宜采用手术洽疗。