肛管癌病者可出现大便习惯改变，排粪次数增加，常伴里急后重或排便不尽感，有时伴有便秘，腹泻等症状，大便时出现肛门部位疼痛。肛管癌的确诊最终需要组织活检病理检查为主。
肛管癌等症状在早期不明显，包括大便改变、便秘或腹泻。然后是粪便形状的变化，伴随着黏液或脓和血便。然后是局部疼痛，如肛门疼痛。有些人还会有肛门瘙痒的症状。因此，如果出现这样的症状，应该及时去医院进行手指检查和病理检查。
可以活1-5年左右，可以通过保守治疗延长生存时间，进行积极的治疗有可能会有更长的生存时间，除了手术治疗以外，有化疗、放疗、靶向药物治疗、生物治疗、干细胞移植治疗、pd1治疗微波消融治疗、放置支架治疗、质子植入治疗等。
肛管癌病人的临床症状普遍有肛门疼痛、排便不净、增加排便次数、便中有脓血或者黏液。肛管癌是一种早期不会有明显症状的疾病。由于肿块处于肛管部位且为不太规则的形状，因此出血的概率较大，容易引起患者便血，当肿块逐渐长大后，会对肠道造成较为严重的堵塞，引起患者困难排便问题，此时患者会有排便不净、肛周疼痛的感觉。
肛管癌在齿线附近可触及的肿块，指套染有腥臭分泌物，是齿状线下至肛门开口的癌肿、较直肠癌少见，多发于老年人，男性略多于女性，肛管癌包括肛管和肛门周围皮肤的癌肿，发生率约为直肠癌的3%。