通常对于囊肿的治疗来说，首先要彻底分清区分囊肿是属于良性还是恶性的。如果囊肿是良性的，没有必要担心了，可以通过口服一些中药进行保守治疗慢慢调养。但如果囊肿是恶性的话建议要尽早采用手术的治疗方式进行治疗，如果手术治疗方式效果不佳的话，还可以再生全身化疗的方式，这些方法就可以彻底治疗囊肿。如肾脏囊肿，若是4cm以上的肾脏囊肿，可以通过腹腔镜手术就可以治疗；4cm以下的肾脏囊肿，也可以通过B超定位下穿刺进行治疗。
系膜囊肿是指发生于输卵管系膜部位的一种囊肿性病变。这种病变的根本性质属于慢性炎症性疾病，是一种良性病变，是由于输卵管细胞受到病原体感染以后形成炎症性疾病，导致输卵管系膜的内膜肿胀、水肿所致。
纳氏腺囊肿又称宫颈腺体囊肿，是慢性宫颈炎的一种表现，宫颈糜烂愈合过程中，新生的鳞状上皮覆盖宫颈腺口或伸入腺管，将腺管口堵塞，腺管周围的结缔组织增生或瘢痕形成压迫腺管，使腺管变窄甚至阻塞，腺体分泌物引流受阻，滞留形成的囊肿叫宫颈潴留囊肿，其包含的黏液常清澈透明，但可能由于合并感染造成混浊脓性，囊肿小而分散，可突出于子宫颈表面，小的仅有小米粒大，大的可达玉米粒大，呈青白色，可伴有糜烂。
囊肿最常见为肝囊肿、肾囊肿、皮脂腺囊肿或腱鞘囊肿。肝囊肿是肝脏比较常见的良性疾病，囊肿大多数为良性疾病。如果胰腺上有小囊肿就需要注意，其是否有恶性的可能性。
要肝囊肿体积不是非常大，不压迫到肝脏，引起肝功能的异常，一般是不需要处理的，肝囊肿是指肝脏里面出现了一包液体。一般是不需要处理，平常要注意规律饮食，避免劳累熬夜，同时可以考虑定期进行复查就可以了。
